Le fruit du café est un type de drupe, c'est-à-dire que les fèves sont recouvertes de la chair d'un fruit. Après la récolte, le café doit être rapidement débarassé de son enveloppe charnue par séchage ou par lavage.Le séchage se pratique sur des aires de séchage, où les cerises de café sont étalées et régulièrement ratissées. En quelques jours, la partie charnue se déshydrate et se désagrège en partie.

Séchage traditionnel à la main, Panama

Le lavage ne peut concerner que des fruits bien mûrs (récoltés par picking). Le processus consiste, après avoir rompu la peau de la cerise, à faire tremper les fruits dans l'eau assez longtemps pour qu'une fermentation assure la dégradation de la partie charnue. On obtient des cafés lavés, décrits comme « propres et brillants », généralement moins acides et de meilleure teneur en bouche. La technique, souvent mécanisée, nécessite de disposer de cuves et d'un approvisionnement en eau suffisant.
A l'issue du séchage ou du lavage, le grain de café se trouve encore enfermé dans le noyau du fruit (l'endocarpe) : c'est le café coque (après séchage) ou le café parche (après lavage).

Il faut le trier, afin d'éliminer toute fève pourrie, décolorée ou endommagée. Le triage peut être mécanisé, dans les installations industrielles, à l'aide de caméras à capteur de photoscope (CCD), mais cette opération se fait encore souvent manuellement, dans les pays en développement.